巴州属典型大陆性气候，四季分明，昼夜温差大，春季升温快而不稳，秋季短暂而降温迅速，多晴少雨，光照充足，空气干燥，风沙较多。其中，南5县(市)即库尔勒、尉犁、轮台、且末和若羌属塔里木盆地东部暖温带干旱区，该区的农业气候优势是光热充足，热量资源比较丰富。冬夏和昼夜温差大，空气干燥，≥10℃积温3870—4300℃，无霜期175—200天。非常适宜棉花、香梨、杏、红枣、蔬菜等作物的生长;北4县即焉耆、和静、和硕、博湖和乌拉斯台、清水河两场属焉耆盆地中温带区，该区域日照充足，气候温和，≥10℃积温3420—3580℃，无霜期平均175左右，非常适宜小麦、玉米、甜菜、工业番茄、色素辣椒、打瓜、酒花、孜然等作物的生长。